かつて、この国で忍者たちによる大きな戦いがあった。生き残った甲賀、伊賀、風魔、雑賀の4つのクランは、それぞれが巨大な力を持つと言われる「クリプト絵巻」を持つことで、互いの均衡を保っていた。時は流れ、現代。舞台は甲賀忍者の住む街、甲賀シティ。鬼道衆のたくらみを阻止した咲耶、ネム、シャオランの三人は、シノビマートでバイトして過ごす、平和な日常を送っていた。しかし、そこに突如謎の来客が…。そして明かされる衝撃の真実…新たな脅威に咲耶たちが立ち向かう！