薬剤師として働きながら、忍びとして暗躍する甲賀忍者の草刈蛍は、与党民自党の国会議員・赤巻章介の違法薬物使用疑惑の証拠を掴むよう命じられた。赤巻邸に侵入した蛍は赤巻と対峙したが――。 一方、普段は郵便局員として働く伊賀忍者で、蛍の夫でもある草刈悟郎は、赤巻邸を警護中に不審な人物を発見。手裏剣で攻撃したが、あっさりかわされて逃げられてしまう。その後、音無祐樹とともに、毒殺された赤巻の遺体を発見する。 すれ違いばかりの夫婦生活に業を煮やした蛍は、悟郎に離婚届を突きつけて家出、父・月乃竜兵のアパートに身を寄せていた。そこで蛍は、妹の雀に赤巻邸での出来事を打ち明ける。 同じころ、伊賀グループの本部長・松下昇は、悟郎から、赤巻が毒殺されたこと、そして現場から逃走した不審者はその身のこなしから甲賀者ではないかとの報告を受ける。松下は、逃げた甲賀者を必ず警察よりも先にとらえるよう、悟郎たちに命じ・・・・・・。

気持ちがすれ違い続ける蛍と悟郎は、ついに離婚することで同意する。そんな中、蛍にある指令が下る。それは、チャリティーイベントを狙った爆弾テロを阻止せよ、というものだった。 だが、実はこの爆弾テロ情報は、赤巻議員を殺害した甲賀忍者をおびき出すために、伊賀が仕組んだ罠だった。イベントのパーティーでは、甲賀が支持している野党・未来党の党首が挨拶をすることになっていたからだ。悟郎たちの働く郵便局の局長であり伊賀忍者である熊沢治は、ボランティアの郵便局員としてイベントに悟郎たちが潜入し、テロの阻止に動きだす甲賀者を捕らえよと命令する。一般参加者に怪しまれないよう、パーティーには家族同伴で参加しなければならない。悟郎が蛍との離婚を決意したことを知る同僚の音無祐樹は、手伝ってくれなければ離婚届は出さない、と蛍に言ってみてはどうかと助言するが・・・・・・。 一方、蛍や父親の月乃竜兵は、このイベントが伊賀の罠である可能性についても考えていた。蛍は、かつて爆弾テロ事件を防いだことがあるという竜兵に、爆弾を作りそうな人物を調べてほしいと頼む。 そんな折、蛍と再会した悟郎は、恐る恐るパーティーのことを切り出す。会場への潜入方法に苦慮していた蛍は、不機嫌そうな態度を見せつつもこの好機に飛びつき・・・・・・。

甲賀忍者の草刈蛍は、イベント会場を狙ったテロの際、仕掛けられた爆弾が爆発する直前に、夫の悟郎が自分のことをかばったことに不審を抱く。悟郎は爆弾があることを知っていたのではないか、という疑念だった。一方、伊賀忍者の悟郎も、蛍のカバンの中から爆弾を仕掛けた場所を記した地図を見つけ、蛍がテロに関わっているのではないかと疑っていた。二人は、ともに相手からさりげなく情報を引き出そうとするが・・・・・・。 同じころ、伊賀忍者の音無祐樹は、自宅のリビングで、イベント会場に設置した監視カメラの映像をチェックしていた。翌朝、伊賀の本部に報告書を提出しなければならなかったのだ。だが、映像を見ていた音無は、何かに気づき、焦り始める。夫の様子がおかしいことに気づいた妻の恵美は、「今日の爆発のこと？」と声をかけた。すると音無は、「任務のことに口出しするな」と言い放って家を出ていってしまう。 あくる日、郵便局に出勤した悟郎は、郵便局長で伊賀忍者でもある熊沢治から、音無が本部からの呼び出しを無視し、姿を消したことを知らされる。伊賀の本部は、音無が第2の爆弾のことを知っていた一人であることから、彼が甲賀に爆弾のことを教えた内通者ではないかと疑っているらしい。一方、蛍のもとへは、家を出て行ったきり連絡が取れない夫のことを心配した恵美が娘の杏を連れて訪ねてきて・・・・・・。

仕事を終えた草刈蛍は、唐揚げ用の鶏肉を求めて精肉店を訪れる。今朝出かける前に、悟郎と約束したからだった。悟郎は、今日も蛍が家に帰ってきてくれると知って大喜びし、蛍のためにノンアルコールのビールを買って帰るとはしゃいでいた。 だが、帰宅する悟郎の表情は朝とは一変していた。昼間、伊賀の本部に呼び出され、赤巻議員の遺体発見直後の防犯カメラ映像を確認するよう求められたのだ。そこには、蛍によく似た背の高い女性が映っていた。映像に残っていたその女性は、悟郎にも見覚えのある、蛍とまったく同じ癖の動きをしていた・・・・・・。伊賀の上層部には、とっさにわからないと答えた悟郎。 家に帰るのをためらう悟郎は、忍者居酒屋『NINNIN』に立ち寄り、赤巻議員の事件や爆弾テロ騒ぎの際の蛍の言動を頭の中で検証する。しかし、決定的な証拠となるような出来事は思い当たらず、混乱するばかりだった。 いつまでたっても帰って来ない悟郎に憤る蛍だったが、そこへ妹の月乃雀から、姉の楓が意識不明で病院に救急搬送されたという連絡が入る。蛍は、ちょうどそのタイミングで帰ってきた悟郎をなんとか誤魔化し、病院へと向かうが・・・・・・。

草刈蛍は、夫の悟郎が伊賀忍者だったことを知る。そして悟郎もまた、蛍が赤巻議員の邸宅に侵入した甲賀忍者だと気づいていた。「知ってしまった以上、けりをつけるしかない」。帰宅した悟郎と、それを出迎えた蛍は、互いに武器を隠し持って対峙する。 蛍と悟郎は、夕食の間も相手の一挙手一投足に目を光らせていた。だが、心の準備ができておらず、行動を起こすことはできなかった。「明日こそ」。ふたりはそう決意し、眠れない夜を過ごす。 あくる朝、ストレッチしていた蛍は、突如背後から投げられた棒手裏剣を素早くキャッチ！それを合図として激しくやりあい始めた蛍と悟郎は、お互いの能力の高さに驚きつつも、互角の闘いを繰り広げる。 甲賀と伊賀、ライバル同士の夫婦が決着をつけるため、激しい闘いの幕が開く！