２５年前、羽多野町の女子大生・富樫琴音（糸瀬七葉）が切断された指だけを残して失踪した。事件は未解決のまま時が過ぎ、琴音の兄である富樫浩之（安田顕）は現在、羽多野署の生活安全課の刑事として働いている。同署に異動してきたキャリア警察官の八代真人（水上恒司）は、富樫が琴音を殺害したのではないかと疑っていたが、そんな中、指のない女性の遺体が発見された。２５年の歳月を超えて、再び“怪物”が動き出す。

葦原で見つかったのは、真人が囮捜査に利用していた女の遺体だった。そのことを知った真人の父親であり警察庁次長の八代正義（渡部篤郎）は、自身の出世の妨げになることを恐れ、もみ消そうと画策する。一方、柳（小手伸也）のひとり娘・美緒（久保史緒里）がこの数日間、自宅に帰ってきていないことを知った富樫は、繁華街で酔いつぶれていた美緒を見つけて保護する。しかし、その夜、またしても凄惨な事件が起きてしまう――。

美緒の指を柳の酒屋の店先に並べた犯人――それは富樫だった。しかし、富樫は何食わぬ顔で翔子（真飛聖）からの参考人聴取を受ける。聴取に同席した真人は、その場で富樫への不信感をあらわにし、両者は対立を深めていく。その後も富樫は不可解な言動を周囲に見せ、昔からの友人である翔子や田所（藤森慎吾）でさえも、富樫の犯行を疑い始める。富樫は何を隠しているのか？ 美緒は生きているのか。怪物はあいつか、俺自身か――。

富樫の不自然な供述に疑念を深める真人は、富樫が凛子(剛力彩芽)の焼肉屋で美緒の指を切断したのではないかとにらむが、後に田所の証言により富樫は放免される。一方、加代(高畑淳子)と中橋（橋本じゅん）は羽多野町の再開発を進めるため、顔なじみの八代を頼る。さらに渦中の柳が再開発のイベントに利用され、激高した富樫が現場に押し入る事態に。謎めいた殺人事件と再開発の謀略が絡み合い、羽多野町は混迷していく――。

「お父さん、出して」――突然、届いた美緒からのメールは一体、何を意味するのか。美緒が姿を消した夜の出来事が富樫の脳裏によみがえり、失踪事件の真相が明らかになる。「必ずあいつを捕まえなくちゃいけない」。富樫もまた“怪物”になることを決意する。一方で、真人もまた、美緒のメールに隠された真実にたどり着き、富樫を問いただす。そんな中、ついに“怪物”が動き出す！

柳の店から美緒の遺体が発見され、ついに“怪物”の正体が暴かれた。拘留された柳の口から、これまでの経緯が語られるが、果たしてそれは真実なのか。富樫と真人は、柳の狂気の裏側に美緒の母親・晴美の存在が深く関わっていることに気付き、柳に揺さぶりをかけていく。未だに琴音の遺体は発見されないまま、柳への取り調べが繰り広げられるが、緊迫したその攻防は思いも寄らない展開を迎える。「俺が琴音をお前に返したんだ」