サトシ、ハルカ、マサト、タケシの4人は、ドクター・ユングの招待を受けて彼の研究所を訪れた。同じく招待されたオーキド博士とカスミと再会した4人の前に、ドクター・ユングが現れる。彼は新たなバトルシステム・ミラージュシステムを作っていて…？