首都・東京で頻発する謎の現象“フェノメノン”。事態に対抗するため、メンバー全員が特殊能力を持った少女という“神楽坂トライナリー”が結成された。少女たちは、妖精のごとき姿をしたコンピューターウィルス“クラン”とコネクトすることによって強力な戦士となり、人の心の暴走が生み出すというフェノメノンの中に侵入して“発症者”との戦いを繰り広げる。少女たちは戦いの中で、人の、そして自分の心と向き合うことになる。