女の子になりたい男の子・二鳥修一と、男の子になりたい女の子・高槻よしの。小学校で出会い、お互いの秘密を知った二人は、共通の悩みを相談し合えるかけがえの無い存在になっていた。そして、季節は春。中学校の入学式を迎え、着慣れない制服の感触に戸惑いながらも、新たな生活に期待と不安を募らせる二人だったが、ツメエリを着て登校してきた女の子・更科千鶴の姿に目を奪われて――。

中学校での新しい生活が始まったものの、よしのとさおりは、修一のことが原因で小学校の頃に仲違いをして以来、ずっと気まずい関係が続いていた。同じ頃、部活動への仮入部期間がスタートし、よしのと千鶴はバスケ部、さおりと佐々はバレー部に入部することに。二人の間に入り、板ばさみになることの多い佐々も、悩みが尽きない。そんな中さおりは、挨拶を無視したという理由で上級生に目をつけられてしまう。

クラスでは文化祭の準備が始まり、1年3組では多数決の結果、さおりの提案した“男子が女子の役を、女子が男子の役を演じる”ことになる「倒錯劇」が出し物に決定。よしのの勧めで、修一は劇の脚本を書きはじめるが、同じく脚本を書いてきていたさおりと、担任の税所先生の提案で共同脚本作業をすることに。一方、バスケ部の顧問から、ブラジャーをつけてくるように言われたよしのは、自分の身体の変化に戸惑いを隠せずにいた。

文化祭の倒錯劇の脚本作業を進める修一とさおり。だが、二人の気持ちが何となくすれ違い、なかなか作業が進展しない。さおりは修一の脚本を「よしのに女の子として愛されたい修一の願望」だと言う。一方よしのは、ユキさんに教えてもらった下着を買おうと、修一を誘って久々に女装＆男装デートをすることに。さおりに言われ自分の気持ちを自覚した修一は、よしのにその想いを告げようとするのだが・・・。

夏休みが始まった。修一たちはさおりの家に集まって、みんなで倒錯劇の脚本制作をすることに。そんな中、偶然さおりの家にやって来た文弥の発言で、修一が時々女装をしていることが千鶴たちに知られてしまう。興味津々で修一を質問責めにする千鶴に、怒って帰ってしまうよしの。自分の為に怒ってくれたよしのの気持ちが嬉しい修一は、よしのへの気持ちに、今度こそひとつの区切りをつけられそうな気がして・・・。

いよいよ待ちに待った文化祭の当日。修一たちのクラスは劇の準備に大忙し。ジュリエットに扮した誠は、ロミオの衣装を見事に着こなすさおりに対して、自分に自信が持てずにいた。本番が刻一刻と迫る中、緊張を紛らわすためにみんなでお化け屋敷に入ったり、人気モデルの麻衣子ちゃんが来ていることが分かって大騒ぎになったり、ユキさんやしーちゃんも見学に来たりと、賑わいを見せる文化祭。そして、ついに1年3組の倒錯劇『ロミオとジュリエット』の幕が上がって――。