正式に「シンカリオンZ E5はやぶさ」の運転士となったシンは、シンカリオンの操縦シミュレーションのため、再び碓氷峠鉄道文化むらを訪れる。そこで待っていたのは、シンと同い年ながらシンカリオンの改造にも関わっている天才整備士･碓氷アブトだった。 だが、アブトはなぜかシンカリオンを運転できないのだという。シンが何気なくその理由を尋ねると、アブトは表情を硬くしてその場を立ち去ってしまった……。

シンたちは「E6系こまち」に乗って、アブトが夢で見た盛岡駅に「Zコード」を探しに行くことになった。Zコードは日本全国に隠されており、それを見つけることで新たなザイライナーが閉塞解除されるという。どうしてZコードのヒントがアブトの夢に出てくるのか？ どうしてZコードを全国に隠したのか？ シン、アブト、スマットは不思議に思いながらも、新しいザイライナー、新しいZ合体を見つけるために、盛岡駅周辺を探し歩く。

「シンカリオンZ E6こまち」の運転士･大曲ハナビは、ロックンロールをこよなく愛する熱い少年だった。彼の実家は、秋田県大曲名物の花火を作っている花火工場。ハナビは花火師になるという夢を追いかけながら、自分が好きな音楽の道も、シンカリオンの運転士の道も、本気でやっていると言う。 だが、ハナビの父･タネビは、やりたいことをいくつも掛け持ちしているハナビの生き様を認めようとしなかった。

新たなZコードを見つけるため長野駅にやってきたシンたち。残念ながらタイジュを運転士に迎えるのは無理そうだとアブトは諦めていた。それでももう一度タイジュと話してみたいシンは、アブトたちに頼んで再び彼に会いに行く。タイジュは、祖父･マサカリにアドバイスをもらい、自分のこだわりを理解してもらうためにシンを森林鉄道記念館に連れて行くことにする。