宇宙世紀0068年、サイド3、ムンゾ自治共和国。宇宙に進出した人の革新を説き、地球連邦政府からの完全独立を宣言しようとしたジオン・ズム・ダイクンは、議会檀上で演説中に突如倒れ、帰らぬ人となった。ダイクンの死後、ザビ家陰謀説を唱えるダイクンの側近ジンバ・ラル。しかし、サイド3ムンゾの実権を掌握せんとするデギン・ソド・ザビ率いるザビ家の暗躍は加速していく。これまで語られることの無かった動乱の歴史が明らかになる中、ダイクンの遺児であるキャスバルとアルテイシアには、激動の時代を象徴した数奇な運命が待ち受けていた…。

宇宙世紀0071年。サイド3、ムンゾ自治共和国を脱出して3年。ジオン・ズム・ダイクンの遺児であるキャスバルとアルテイシアの兄妹は、ジンバ・ラルと共に地球に逃れ、テアボロ・マス家に身を寄せており、エドワウとセイラという名で平穏に暮らしていた。だが、彼らを追うザビ家の魔の手が、再び迫りつつあるのであった…。そのころ、サイド3はジオン自治共和国と国名を変え、ザビ家が実権を掌握し、支配体制を固めつつある一方、地球連邦軍に対抗するための新兵器、モビルワーカーの開発に着手していた。

宇宙世紀0074年。テキサス・コロニーを離れたエドワウ・マスは身分を偽り、シャア・アズナブルとしてジオン自治共和国国防軍士官学校に入学する。同期となったザビ家の御曹司ガルマと親交を深めるシャア。次第に二人は学生たちからも一目置かれる存在になってゆく。そして宇宙世紀0077年、ついに学生たちは独立をかけ地球連邦軍治安部隊に対し武装蜂起する。しかしそれはシャアの描く復讐への壮大なシナリオの幕開けでもあった……。――いま、歴史の歯車が回りだす！

宇宙世紀0077年、連邦への反逆の狼煙となった「暁の蜂起」。その責任を取ってジオンの士官学校を辞したシャアは、地球で不思議な力を持つ少女、ララァ・スンと出会う。一方、アムロの父テム・レイは、ジオンのモビルスーツに対抗すべく、RX-78開発計画を推進する。そのさなか、恩師ミノフスキー博士が亡命するとの情報が伝わってきた。宇宙世紀0078年、キシリアの密命で集結したシャア、ガイア、マッシュ、オルテガ、ランバ・ラルは、博士の亡命を阻止すべく、月面のトワイライトゾーンで人類史上初のモビルスーツの死闘を繰り広げる。そして、時に宇宙世紀0079年――。地球から最も遠い宇宙都市サイド3は、ジオン公国を名乗り、地球連邦政府に独立戦争を挑んできた。わずか一ヶ月あまりの間にジオン公国と連邦軍が総人口の半分を死に至らしめた、動乱の時代が始まろうとしていた――。