宇宙世紀0083、連邦軍のトリントン基地に2体の新型ガンダムを積んだホワイトベース型の戦艦アルビオンが到着。コウをはじめとする基地のパイロットたちは、誰がテストパイロットになるかで殺気立つ。だが、核ミサイルを搭載した2号機がデラーズ・フリートのガトーにより奪われてしまう。

コウは咄嗟に1号機に乗り込み、ガトーが奪った2号機に立ち向かうが、百戦錬磨のガトーには歯が立たず逃げられてしまう。コウの上官であるバニング大尉の部隊は、2号機を奪還するべく追撃を開始する。

2号機に搭載された核兵器による攻撃を恐れるジャブローは、アルビオンに2号機奪還の命令を下す。パイロット降格を言い渡されたコウは、1号機のパイロットとして送り込まれてきたベテランパイロットのモンシアと、どちらが1号機のパイロットにふさわしいかを巡って対決する。

2号機を追ってアフリカ大陸を進むアルビオンからスパイが脱走。だがそれは、スパイを泳がせて基地の場所を突き止めようとする作戦だった。敵の司令官ビッターは、2号機を乗せたHLVの発射時間を稼ぎ「星の屑作戦」を成功させるため、MS部隊を率いてアルビオンを迎撃する。

アルビオンは2号機とガトーを追って宇宙へと向かう。一方、2号機とガトーを乗せたHLVは暗礁空域内の基地に到着。核兵器を手に入れたデラーズは、連邦の悪意の証拠として全世界に向けて演説し、連邦政府に宣戦を布告。アルビオンはシーマ率いるMS部隊の攻撃を受ける。

1号機をフルバーニアン仕様へと換装するため、アルビオンは月のフォン・ブラウン市に入港する。ガンダムを大破させてしまったことに落ち込むコウは、アルビオンから逃げ出して町をさまよい、元ジオン軍兵士でジャンク屋を営むケリィという男と出会う。