並行世界が無限にある世界。そんな無数の世界が、突如悪の組織「トジテンド」の魔の手に堕ちてしまう。唯一残ったのは、主人公“五色田介人”の生きる世界。介人の住む世界と、「トジテンド」が君臨する世界「キカイトピア」が、何故か混ざり合ってしまったのだった。しかし「キカイトピア」の住人キカイノイドたちと、介人ら人間たちはすぐに打ち解け、共に生きるようになっていた。そこに再び「トジテンド」の魔の手が迫る。壊される平和な時間。キカイと人間の穏やかな暮らしを守るため、戦うことを決意した介人。彼が見つけた最初の仲間は、赤くてイケてるオジサンのキカイノイド“ジュラン”だった…!!

キノコ、きのこ、茸!! 突如として世界に、キノコがあふれだした。一方、初の変身を決め見事にトジテンドの襲撃を退けたゼンカイジャー。残るギアトリンガーはあと3つ。広場にはメンバーを集めようと元気に駆け回る介人に心を奪われ、接近を図る一人のキカイノイド･ガオーンの姿があった。…そして忘れたころに牙をむくトジテンド! かわいくておいしそうなキノコたちがそのままで終わるはずもなく…

マジか? マジで? マジだ? キノコを退け、アイスブレイクの間もなく今度は氷! 絶賛メンバー募集中のゼンカイジャー。コオリワルドの力によって凍ってしまった世界で出会ったのは占いオタクだけど人見知り全開! のマジーヌであった。「一緒に戦おう!」キカイ、キノコ、コオリと、目まぐるしい変化の世界。ぬぬぬと不安なマジーヌに、お構いなしの介人のスカウト! どうなるマジーヌ!? どうするマジーヌ!?

トジテンドの掃除係･ブルーンは抱えた疑問を胸に、幹部イジルデに問いかける。しかし、返ってきたのは質問への答えではなく―。“知ってしまった”ことで追われ、ブルーンはトジテンドを飛び出すことに。一方、街では不思議なゴングが鳴り響き、人々がいたるところでボクシングをし始める。ボクシングワルドに対峙するゼンカイジャーのもとにクダックたちから逃げるブルーンが合流。“世界を広げる知”との出会いに、好奇心のエンジンが動き出す!

5人揃ったゼンカイジャー! しかしトジテンドの掃除係だったブルーンから、思いがけず両親の名を聞く介人。母ちゃんと父ちゃんは、もしかしてトジテンドにいる‥‥!? そんな油断をスシワルドに見透かされ、介人とジュランは寿司として握られてしまう。同じく握られ苦しむ人々に、自責の念を感じる介人。両親のことばかり気を取られて、肝心の人助けにまるで心を砕いていなかった。落ち込む介人に、ジュランが語る言葉とは―。一方、決死の救出作戦を敢行するガオーン･マジーヌ･ブルーン。そこに行動隊長バラシタラまでもが立ち塞がり‥‥!? ゼンカイジャーとトジテンド、勝利を握るのは果たしてどっちだ!?

「ブルーンちゃん、ちょっと助けて～」。カラフルにヤツデの声が響く。マジーヌの片付けられなさが爆発し同室のヤツデはなかなかお困りモードの様子…。一方そのころ、ブルーンは図書館に立ち寄っていた。たくさんの本を手にホクホクの彼の眼前に広がっていたのは、うずたかく積まれたゴミの山!? ゼンカイジャーが駆けつけると元凶であるゴミワルドはゴミ山へとエスケイプ。掃除の元プロ･ブルーンを筆頭に、世界初のスケールで繰り広げられる大掃除大作戦、スタート! あ、おひとり戦力になるか非常に心配な子がいるのですが……