日々ファントムと戦う高校生・一条晴彦は、先輩の川神舞とチームを組んでファントム退治を行っていた。だが乱暴な舞と、それに振り回される運動神経ゼロの晴彦に、チームの成績は芳しくなく、“ダメチーム”と揶揄されていた。なんとかチームを強くしようと晴彦が人材を探していた時、晴彦はファントムイーター・和泉玲奈と出会う。強力な能力を持つ彼女をチームに勧誘しようとするが……。

次の依頼は、暴走する警備ロボットファントムの退治。和泉玲奈をチームに加えて三人となった晴彦たちは、顧問の姫野アリスから依頼を受けて廃工場へと向かった。しかし先にそこで戦闘を行っていたのは、美しい歌声を響かせ戦う赤い少女・水無瀬小糸だった……。

今度の退治依頼は……弁慶ファントム？逢魔が時に、橋を通せんぼするファントムを退治してくれと頼まれた晴彦たち。目的の橋に到着した時、川神舞はその場所に懐かしい既視感を憶えた。現われた格闘を得意とするファントムに、舞が意気揚々と前に出る。しかしそのファントムの狙いは、初めから舞だった――。

いつものように、ファントム退治の報酬で食べ放題を満喫していた和泉玲奈。『脳機能エラー対策室』に入って以前より充実した毎日を送っていたが、皆と別れた彼女の心に影を落とすのは、家族の事。厳しい両親に、家出した姉。帰りのバスが到着し、顔を上げ乗り込む玲奈。しかしそれはいつもと違う見慣れないバスで……。

飼育小屋を襲い小動物の命を奪い去る凶悪なファントムが出現。依頼を受けた水無瀬小糸は独り、そのファントムを倒しに向かう。そこにいたのは、ウサギの世話をする小学生・熊枕久瑠美。そして二人の前に現れる、三つ首ファントム。百戦錬磨である水無瀬小糸がそれを退治しようと立ち向かうも、ファントムの吐き出した毒霧を浴びてしまう……。

熊枕久瑠美。小学四年生。特異能力者。フロントツインテール。好きなもの――クマ。クマを愛して止まない臆病な少女が雨の日に迷い込んだのは、ぬいぐるみの世界。共に迷い込んだ晴彦、ルルと一緒に、三人は謎のクマのぬいぐるみ集団に襲われる。万事休すかと思われたその時、久瑠美たちを守るように現れたのは……。