ミニ四駆が大好きな兄弟、星馬烈と豪は、ある日、土屋博士から空力を最大限に利用したフルカウルミニ四駆を渡される。兄の烈は「ソニックセイバー」をコーナリング重視に、弟の豪は「マグナムセイバー」を加速重視に仕上げ、G・J・C（グレートジャパンカップ）に臨んだ。コースは、サバイバルコース。上位3名だけが決勝大会へ出場できる。トップを争うマグナムとソニック。しかし、滝つぼに突入した時、烈と豪の2台のセイバーが吹っ飛び、マグナムはクラッシュしてしまう！

G・J・C決勝戦。この試合に負けたらセイバーを返さなくてはならないとあって、烈と豪はいつも以上に気合いを入れる。その会場に姿を見せたのは地区予選を最速タイムで優勝した黒沢。星馬兄弟に手強いライバル出現だ。黒沢のマシンは「ブラックセイバー」。烈と豪は、土屋博士が、自分たち以外の人間にもセイバーを渡していたことを知る。レースはスタートし、黒沢のマシンが砂をまく改造で圧倒的に優位に立つ！

大破したセイバーの修理に没頭する烈と豪。修理は完成し、コースに合わせたセッティングをするためのパーツを買いに行くが、帰ろうとする烈と豪の前に、二郎丸と名乗る少年が現れた！ 二郎丸は星馬兄弟の噂を耳にし、自分も土屋博士に認められたいと思い、敢えて2人と戦うためにはるばる旅をしてきたという。

烈たち兄弟のセイバーを救ったのは「トライダガーX」。そのマシンの持ち主は鷹羽リョウ。二郎丸の兄だった。リョウは弟のため命を懸けてくれた烈たちに、礼を言うかわりに1枚のパンフレットを手渡し、二郎丸とともに立ち去る。それはリョウからの無言の挑戦状だった。そのパンフレットに記されている「マウンテン・ダウンヒルレース」の文字。あいつは一体…？

レース終了後、烈と豪の前に現れた謎の少年、三国藤吉。彼に対する烈の第一印象は“調子いいヤツ”、豪の印象は“顔は変だがいい奴”であった。レースに勝ったものの、100秒遅れのスタート作戦をとってきた鷹羽兄弟に、豪のプライドが許さない。烈の制止を振り切り鷹羽兄弟のもとに駆けつける豪。用水路を使っての再試合がスタートするが、そこには思わぬ落とし穴が待ち受けていたのだった！

リョウにマシンの欠点を指摘されたことで、夜な夜なうなされる豪。見かねた烈が気晴らしにと、豪をゲームセンターへと連れ出す。そのゲームセンターの社長は何と、あの三国藤吉だった！たまたま（？）豪が開園1000人目の入場者となり、全てのゲームの無料権を得る。そして、ゲームの中で豪は藤吉の狙いどおり、巨大なミニ四駆コース、スターギャラクシーコースに挑戦し、藤吉と戦うことになった。藤吉のマシンはスピンアックス。レース開始から、直線でスピンアックスを一気に引き離すマグナムだったが…。