神様を信じない高校生『上終瓜生』。身寄りがなく養護施設で育った瓜生だが、ある日里親候補が見つかる。京都大学医学部を目指す瓜生は、これで落ち着いて勉強ができると喜ぶが、引き取り先はなんと神社だった。しかもそこには『甘神夜重』『甘神夕奈』『甘神朝姫』という自分と同年代で、個性的だが可愛らしい巫女の三姉妹も暮らしていた。瓜生は突然始まった巫女三姉妹たちとの共同生活に振り回されることになる。

なんとか無事に始まると思われた瓜生と甘神三姉妹との共同生活。だが甘神神社の宮司・千鳥から『いずれは三姉妹の誰かと結婚して婿になり、神社の跡継ぎになってもらう』と言われて状況は一変する。将来は医者になるという夢がある瓜生はもちろん、突然の結婚話に三姉妹もまた動揺し、困惑する。三姉妹は夕奈を中心に、瓜生に穏便に出ていってもらおうと『それとな～く追い出そう作戦』を実行することになるのだが……。

紆余曲折はあったものの『家族』としてひとつ屋根の下の共同生活をスタートとさせた瓜生と甘神三姉妹。すると千鳥から『互いの親睦を深めるためにお見合いをするように』と命じられる。将来神社を継ぐ気はない瓜生は、お見合いに乗り気ではなく、また三姉妹も自分と同じく消極的だろうと予想するのだが、最初のお見合い相手である一番年下の朝姫は、意外にもお見合いに積極的。瓜生にぐいぐい迫っていくのだが……？

ある日『北白川巳右衛門』という人物が甘神神社を訪れる。北白川は神社の協賛相手で、近年の参拝客と収益の減少を理由に、なんと神社を売りに出すように迫ってくる。なんとしても神社を守りたい三姉妹と、彼女たちの想いを感じた瓜生は『例大祭で参拝客を5000人集めたら、神社売却の話を撤回してほしい』と北白川に申し出る。こうして瓜生と三姉妹は神社を守るため、参拝客を5000人集める案を必死で考えるのだが……。

SNSでのPR作戦の成功や、商店街の人たちの協力のおかげで、万全の態勢で迎えた例大祭当日。神社を守ろうと瓜生と三姉妹は気合が入る。だが、そんな想いに反して参拝客は一向に増えない。『流石におかしい』と思う瓜生。その時朝姫からなんと甘神神社のなりすましアカウントが例大祭の中止を言いふらしており、本物の神社のアカウントが凍結されてしまったと報告を受けて……。

例大祭を成功させ、無事に神社を守り切った瓜生たち。これで何の気兼ねもなく勉強に打ち込めると思いきや、瓜生は例大祭の最後に夜重からキスされたことが忘れられず、まったく集中ができない状態になってしまう。『夜重はなぜ自分にキスをしたのか？』一人悶々と考える瓜生の前に朝姫が現れる。朝姫は『自分が夜重の気持ちを暴いてみせるから任せておけ』と自信たっぷりに瓜生に語るのだが……？