「恐竜帝国」との戦いは、武蔵の自らを義性にしたゲッターロボの自爆と共にすべてが終わったかにみえた。５年後。「恐竜帝国」の復活を確信した神隼人は、ネオゲッターロボの開発を進めていた。そして一文字號、橘翔、大道剴を選び、新ゲッターチームを編成する。そんな隼人たちの前に「恐竜帝国」がついに姿を現す……。