ブラック企業に勤める竹林竜馬は39歳で早死。しかし、天界で3柱の神の祝福を受け異世界で少年の体に生まれ変わる。森の中に住むことになったリョウマはスライム研究にのめり込み、いつの間にか1000匹以上と暮らすようになっていた。ある日、森の中で出会ったラインハルト公爵と護衛たちの一人が大怪我をしているのに気付き治癒薬を差し出し家で休むように招き入れるが、公爵たちはリョウマのスライムとの生活ぶりに驚く…。

リョウマに助けられたラインハルト公爵は先代当主ラインバッハ、妻エリーゼ、娘のエリアリアたちを連れて、旅の途中に再び森へとやってきた。緊張気味のリョウマにお礼を伝えた彼らは、分裂してさらに増えたスライムが合体した大きくなったビッグスライムとリョウマが契約していることに驚く。ビッグスライムとの契約は不可能とされていたのだ。さらに新種のクリーナースライムに目を輝かせるエリアリア。今回の旅はエリアリアの初めての従魔契約も目的になっていた。森でクリーナースライムへ進化するスライムの契約に成功して喜ぶエリアリアを見て、自分が最初にスライムと契約したことを思い出すリョウマ。ラインバッハに一緒に旅をしないかと誘われ、親切で暖かな人たちに役に立てたことに喜びを覚えていたリョウマは森の外に出て新しい世界へ旅することを決める。1500匹以上に増えていたスライムたちは初級魔法アイテムボックスに乗せて旅立つことに。

公爵家の人々と森を出たリョウマは、この世界に来て初めての街ギムルに着いた。早速、ラインハルトたちと身分証明書のステータスボードを発行するため教会へ。儀式のため洗礼の間で水晶玉に触れた瞬間、強い光に包まれリョウマは再び天界へ。3年ぶりの神たちとの再会に「また死んだ？」と思うリョウマだったが、教会に来れば信託スキルによって精神だけ召喚されて会うことができるらしい。神たちからスライムの可能性をリョウマが切り拓き新種に進化させたこと、これまでの地球からの転移者のこと、公爵家もその末裔であることなどを聞かされる。洗礼の間に戻ったリョウマが手にしたステータスボードには『不幸な人生を乗り越えた者』、『神々の寵児』という称号があった。次に、エリアリアと一緒にテイマーギルドへ登録に行くことに。従魔がスライムではランクが上がらないといわれ、冒険者ギルドにも加入するために戦闘能力試験を受けることになる。

冒険者ギルドで始めて受けた依頼は獣人族ミーヤのゴミ屋敷掃除。家の上の方にあるゴミ捨て場から地下室にゴミがなだれ込んで誰も引き受けない依頼だった。ミーヤの家に出かけたリョウマは、元凶であるゴミ捨て場のゴミを地下室のゴミと一緒にスカベンジャースライムが処理、地下室をクリーナースライムが清浄、スティキースライムがゴミ捨て場の地盤を固めて地下室の壁の穴をふさぐなど数時間で作業完了した。「ありがとうにゃ」と泣き出すほどミーヤに感謝される。報告に戻ると、その腕を見込まれて共同トイレ掃除を依頼される。役所が賃金を出し渋ったため引き受け手がいなくなってしまったらしい。説明を受けたリョウマは快諾、事情をラインハルトたちに話すと管理費横領の疑いがあると公爵家が調査を始めることに。リョウマとスライムたちは翌日からトイレ清掃を始めた。順調に作業は進んでいたが、疫病を引き起こす病原菌が発生していることが判明する。

共同トイレ清掃を徹夜でやり遂げ、かつての徹夜勤務とは違う満足感を得たリョウマは宿に戻って公爵家の人々の温かい出迎えを受ける。翌日、エリアリアと約束した魔法の遊びをするため、公爵家の人々やスライムたちと一緒に郊外に出かけることに。いくつか魔法を組み合わせシャボン玉を飛ばしたり、水で魚を作って空を泳がせたりして見せるリョウマとそれをまねて遊ぶエリアリア、それを見守る人々との楽しい時間。リョウマも攻撃魔法や空間魔法を新たに教えてもらい懸命に練習する…そんな穏やかな一日が過ぎてゆく。翌日、王都の学校入学が決まっているエリアリアの対魔獣実戦訓練を兼ねて、鉱山廃坑に住み着く魔獣の討伐と事前調査に向かう。エリアリアたちが魔獣を討伐しスライムが片づける。順調に討伐が進んでそろそろ終わろうとする時、坑道の奥でキラリと光を反射する何かをリョウマが見つける…それはリョウマがまだ見たことのないスライムだった。

数々の依頼を経てFランクに昇格したリョウマのスライムは、スティッキー、ポイズン、アシッド、クリーナー、スカベンジャー、ヒールなど合計4310匹までに増えていた。廃坑で見つけたばかりのメタルスライムの実験をしていたリョウマの元に魔獣討伐に向かうミーヤたち冒険者一行が迎えに来る。調査の結果、公爵家は廃坑での大規模な魔獣討伐をギルドに依頼したのだ。ミーヤたちをとパーティを組みスライムを連れて坑道に入るリョウマ。魔獣討伐は順調に進み、リョウマたちが昼休みに外へ戻った時、坑道の奥で大規模なゴブリンの群れが発見されたとの情報が届く。アシッドスライムで酸のプールの罠を作り、ヒールスライムで傷ついた冒険者を治すが、予想以上にゴブリンの数が多すぎて、冒険者たちもだんだんと消耗してゆく。そんな時、リョウマは空間魔法で残りのスライムを全部呼び出した。ゴブリンの群れにスライムを立ち向かわせるその方法とは…。