街を壊した罰で魔法学校へ囚われていた少年ガリバー。しかし突如、何かに導かれるように不思議な力に目覚め、故郷のベニスに戻るべく魔法学校を抜け出して走り出す。そのころ、悪名高きイスパニアの皇帝ジュドーが自ら軍勢を率いてベニスの街に攻め込んでいた。ガリバーの父パパ・トスカーニは、戦いを止めようとするが…。
父を亡くし失意に沈むガリバーだが、脳裏に浮かぶ不思議なイメージに心を奪われ、そこに現れる少女・ミスティのことが気になり始める。一方、ジュドーの命令でミスティを探すことになった満月男爵は、部下のブドーマッスルをベニスの街に送り込む。逃げるミスティは、ついにガリバーと運命の出会いを果たす！(C)広井・芦田／集英社・東映アニメーション
突然の洪水でベニスの街は水没。これを見たジュドーはイスパニア軍を撤退させる。平穏を取り戻したベニスの街の人々。そんな時、父の親友だったロレンスが、ガリバーのもとにやって来る。ロレンスが手渡してくれたのは、古文書と鍵。それは古代文明の力を解き放つ重要なアイテムだった。(C)広井・芦田／集英社・東映アニメーション
ガリバーたちは獅子の洞窟の奥で、古代アトランティス文明が残した船を見つける。艦内に入ると、機械が突然動き出した。シ―ライオンという名のこの船は、江戸っ子と呼ばれるコンピューターに制御されていたのだ。ガリバーはシ―ライオンに乗って、たった一人でイスパニアに向かおうと決める。(C)広井・芦田／集英社・東映アニメーション
リー10倍の弟子・ハンマーイーグルを訪ねるため、ガリバーたちはシーライオンでローマ大帝国に向かう。だが、すでにローマはジュドー配下の三兄弟、トリオ・デ・イスパニアの支配下にあった。そうとは知らないガリバーたちは、シーライオンごと捕まってしまう。そして、三兄弟の長男であるエロイカは…。(C)広井・芦田／集英社・東映アニメーション
ハンマーイーグルと戦ったガリバーは、魔拳マインダーの力でかろうじて勝利を収める。その力を見たエロイカは、次はアトランティスの遺産である魔神を動かせるかどうか試させる。起動は成功。喜びに震えるエロイカだったが、三男マルチスはガリバーに対して嫉妬の炎を燃え上がらせていた！(C)広井・芦田／集英社・東映アニメーション
