捕らえた龍を解体し、それを売って、旅をする…今はその数も少なくなった、現役の捕龍船クィン・ザザ号。新人のタキタは、ミカ達ベテラン船員の鮮やかな龍（おろち）捕りを目の当たりにし息を飲む。その後、一行は早速近くの市（まち）に降りて龍の肉や油を人々に売り捌く。久々の地上で、船員たちはほっと一息。だがそれも束の間、新たな龍が現れ、隣市（となりまち）が危険との情報が！ やがて遭遇した龍は、クィン・ザザ号に対してやけに好戦的な態度を示す。その理由とは…？

クィン・ザザ号に乗り込んでから3ヶ月経ち、新人のタキタも少しずつ仕事に慣れてきた。そんな彼女が甲板でひとり風に当たっていると、手すりに奇妙な鳥が。…いや、違う。龍だ！ 鳥のような小ささでも龍は龍。捕まえればかなりの儲けに違いない!! タキタは甲板から船内へと紛れ込んだ龍を密かに捕獲しようと奮闘する。しかし、なかなか見つけられずにいるうち、ギブスが何者かに襲われ負傷。事態は船全体を巻き込んだ、大騒動へと発展する。

捕龍船といえども、龍と戦ってばかりではない。空の上にも平時の職務はある。見張り台の当番をしていたジローは、天測で雲行きが怪しいことに気がついた。そんなこととは知らず、非番の者は賭けに興じたり、二日酔いでへばったり、古くなった龍の肉を燻製にしたりと、自由きままに過ごしていた。しかし、船の責任者と会計士は頭を抱えていた。このまま龍が捕れなければ大赤字!! しかもジローの見立て通り、船の前方には嵐を伴う巨大な雲が迫りくるのだった!!

タキタが偶然見つけた一枚の紙。そこには眠るヴァナベルの艷やかな姿が！ こんな絵を描くために女の寝室に忍び込むとは…けしからん！ 状況証拠で絞り込まれた容疑者候補は3人。船員たちは面白半分で犯人を絞り込もうとするが、ヴァナベル本人はといえば、馬鹿げた騒動を気にすることもなく、物思いに耽っていた。そこに現れた中型の龍。戦いの最中、ミカの姿にヴァナベルが感じたものは――。

港市（みなとまち）クオーンに、クィン・ザザ号は補給と船の修理のために降り立った。一仕事終えた船員たちの多くは、久々の陸（おか）を堪能しようと酒場へ繰り出す。そんな中、ミカは初めて龍の解体を経験したことで心ここにあらずなタキタ気遣い、一緒市（まち）に向かう。そして、「千剖士（せんぼうし）」という龍を解体・加工して暮らす一族を訪ねる。そのころ酒場では、ザザ号と他の船の龍捕りのあいだで乱闘が勃発。ジローはその騒ぎから、カーチャという名の可憐な少女と出会う。