行方不明のハイエンシェント・サーキット「雷のマグダラ」。このサーキットの行方を探るべく新たに華とパートナーとなったサーシャは、私立女子校「翠玲学園」へと女装して潜入する。華の手引きにより、女生徒のソーマを調べ始めるサーシャ。だがソロリティの会長、瀬田深雪がサーシャに疑いを抱き、決闘を申し込む…。 [SF/ファンタジー][アクション/バトル]

決闘に敗れた深雪は、ソーマを吸われた罪悪感から幼馴染の天乃翼を避けるようになる。だが翼はそれが自分のせいではないかと思いこみ、二人の想いはすれ違い始める。一方、アトス同様にアデプトもまた学園へ12使徒を潜入させていた。ジータが仕組んだ決闘により、翼の隠された能力が発現。サーシャがついに敗れる…!!

翼に目をつけたサーシャと華だが、時既に遅く汪震により翼を捕らえられてしまった。翼について調査を始めたサーシャたちの前に、怒りに燃えるジータが立ち塞がる。能力を過信するジータはサーシャの敵ではなかったが、クラフトをも操る汪震により追い込まれてしまう。だが、そのピンチを救ったのは意外な人物だった…！

華を救出するために新たな奴隷、あやめを従えて電脳空間へダイブするカーチャ。そんな一方、汪震は翼にウィッチクラフトのサーキットを刻み込み、着実に我がものにしようとしていた。ついに起動する雷のマグダラ。しかし翼の祖父、天乃晴之から全てを知らされていた深雪は、翼を守るために託された力を使用して…。

シルバーナイトに姿を変えた深雪は、ウィッチクラフトとなった翼に立ち向かう。一方、サーシャに、ユーリは総主教会議からの通達と神罰執行部隊＜メテオラ＞の派遣を伝える。サーシャはシルバーナイトと化した深雪と、汪震に操られる雷のマグダラの戦いに介入するが、双方の圧倒的な力を思い知らされることとなる…。