話: 遠い未来、地球は宇宙からの侵略者「エネミー」によって滅亡の危機に瀕していた。人類は地球を守るため、人型兵器「ヒューマノイドアームズ」を生み出し、そのパイロットを育成する地球防衛組織「シャイニングユニバース」を設立する。シャイニングユニバースのトップチームに所属するパイロット候補生のトキヤ・イチノセ、ナツキ・シノミヤ、セシル・アイジマは、それぞれが抱える思いや葛藤と向き合いながら、戦う意味、そして守りたいものとは何かを探し、「強さ」の本当の意味を知っていく。