幼い頃に色覚を失ってしまった、魔法使い一族の少女・月白瞳美。祭りの夜、彼女は祖母の琥珀から「高校2年生の私に会いに行きなさい」と告げられ、魔法で60年前の過去へと飛ばされる。気づくと彼女は、南ヶ丘高校に通う高校生・葵唯翔の部屋にいた。自分の身に何が起きたかわからず、あわてて部屋から逃げ出す瞳美。しかしその姿が、唯翔の友人である川合胡桃たちに目撃されていて……。

唯翔が描いていた絵を見て、一瞬、色の溢れる世界を取り戻した瞳美。海外留学中だという琥珀の実家に、身を寄せることになった彼女は、琥珀の両親に押し切られるようにして、近くの南ヶ丘高校に転入することになる。嫌々ながら通い始めた学校で、若い頃の祖母の意外な一面を知ることになる瞳美。さらに彼女は、自分が魔法使いだと証明するために、生徒たちの前で魔法を披露することになる。

新入生を対象に、部活に体験入部する「クラブ活動紹介」が始まった。唯翔が描いた絵が忘れられない瞳美は、写真美術部を訪れる。自分に色覚がないことを隠したまま、唯翔に促され、生まれて初めて絵筆を手に取る瞳美。さらに彼女はそのまま、写真撮影会にも参加することに。胡桃に懇願され、撮影のモデルを務めることになる瞳美だったが、そこで思いも寄らぬトラブルが彼女の身に降りかかる。

琥珀が留学から帰ってきた。さっそくクラスで見事な魔法を披露し、さらには写真美術部のメンバーともすぐに馴染んでしまう琥珀。自分とは正反対な祖母の姿に、瞳美は圧倒される。一方、写真美術部は次の文化祭で、絵と写真を組み合わせた作品集を発表することに。その最初の活動として、夜景の撮影を行うことになり、瞳美たちは夜の学校へ向かう。だがそこは、普段と少し違った雰囲気で……。

琥珀を新たなメンバーに加えた「魔法写真美術部」の認可が、無事に学校から下り、懇親会を開くことになった一同。そんな中、瞳美は「まほう屋」の留守番を任されたことをきっかけに、改めて魔法に正面から向き合おうと思い始める。試行錯誤しながらも初めて星砂を作った瞳美は、それを唯翔に渡そうとする。

瞳美からプレゼントされた星砂を使った際に、唯翔が目にした金色のサカナ。それは、唯翔が小学校の時にはじめて賞をもらった絵に描いてあるものだった。奇妙な一致に、心惹かれる瞳美。そんな中、魔法写真美術部のメンバーは、撮影会でグラバー園に出かけることに。再び現れた金色のサカナに導かれ、瞳美は気付くと絵の中の世界にいた。