指名手配犯・赤星ビスコの弓矢が咲かす巨大キノコのテロによって、大混乱する忌浜の街。ビスコは重症の師匠ジャビを救うため薬を調剤できる医者を探していた。医院に乗り込みミロに迫るビスコだったが、そこに騒ぎを聞きつけた黒革知事の親衛隊が駆けつける。

忌浜自警団長のパウーは単身ビスコに猛攻をかける。そんな中、どんな錆でも浄化する伝説の霊薬キノコ『錆喰い』の存在をジャビより知らされたミロは、姉を救う手がかりだと確信する。激しい戦いを切り抜け合流したビスコに、ミロは自らの決意をぶつけて……。

東北に向かってカルベロ貝砂海を進んでいくビスコとミロは、その途上で〈テツジンの街〉にたどり着く。大人のいない、子供だけが暮らす寂れたその町は、凶暴な生物トビフグの脅威に晒されていた。その頃、ふたりを追うパウーは道中で不思議な夫婦に出会う。

〈テツジンの街〉で入手した情報をもとに、さらに北を目指すビスコとミロ。ふたりは雪に閉ざされた霜吹県で、凍えて死にそうになっていたチロルと再会する。チロルの協力を得たふたりは、『錆喰い』があるという旅の最終目的地・子泣き幽谷の目前へと迫る。