ヤンキー高校生・業平猛（タケル）は、夢に何度も現れる謎の少女・ツキミヤに想いを募らせる日々を過ごしていた。ある日不慮の事故で崖から転落したタケルが目を覚ますと、目の前には憧れのツキミヤが！ そこは安倍晴明たち陰陽師が守護する「電祇平安京」と呼ばれる別世界だった。ツキミヤに不審者扱いされ街をさまようことになったタケル。その時、突如黒い霧が街を覆い異形の怪物が人々を襲い始める――

タケルが再び電祇平安京で目を覚ますと、そこには死んだはずのツキミヤが立っていた。しかし、誰もタケルのことを覚えておらず、不思議な力で怨人と戦ったという主張も信じてもらえない。街の様子を見てタイムリープしていることに気が付いたタケルは、今度こそツキミヤを守ると決意を新たに、タケルに興味を持ったアツナガたちの指導の下、陰陽師としての修行を開始する――

正式に陰陽師になったタケルは、アツナガとともに式神を使った模擬戦や晴明の課す特訓に励む。鍛錬でも実力を示すタケルを見て、元々アツナガとペアを組んでいたユラは苛立ちを募らせていた。ほどなくして、初めて電祇平安京にやってきたときと同じ日を迎えたタケル。過去の実体験をもとにこれから起こることを予測し、ツキミヤを守る方法を考えていると、ユラが現れタケルにタイマン勝負を持ち掛ける――