新西暦202年、地球は宇宙より来襲した、人類にそっくりな未知の知的生命体スペースエミグラント（S・E）に侵略され（第1次侵略戦争）、S・Eの手に落ちた。地上を奪われた人類は、奪回のチャンスをうかがうため、海底に要塞兼居住都市アクアベースを建設し移住した。それから百年後、ダミーにすぎない自然環境により人類の健康と精神面の悪化が進み、健康な遺伝子が失われ、人口維持のため人工受精に頼る事態に陥っていた。そこで地球国際連合軍最高司令官Dr.クリムトは、人類の滅亡阻止と地上奪還のため、最高司令部直属独立サイボーグ部隊エンジェルス（A計画）を結成したのであった…。