日暮里警察署の刑事である神保徳之助（小林稔侍）は駅弁が大好き。駅弁フェアに行っては、フリーライター・工藤美奈子（遠藤久美子）と全国の駅弁を奪い合っている。徳之助は、“定年になったら日本全国駅弁めぐりの旅をする”と亡き妻と約束しており、それが果たせなかった妻への思いも込められていた。ある日、IT関連会社社長の黒崎（結城貴史）が殺される。徳之助は現場に駆けつけるが、警視庁の捜査一課の刑事たちに一蹴される。捜査一課を率いているのは、係長の北村祐介（小林健）という若手エリートだった。北村は黒崎の殺人事件を物盗りの犯行と断定。現場に落ちていた遺留品から捜査を始め、ほどなく山名（吉永雄紀）という男に当たる。山名は自供し、事件は簡単に解決したかのように見えた。しかし物盗りの犯行という捜査方針に最初から疑問を抱いていた徳之助は、独自に聞き込みをして、新たな証拠を捜し出す。それは山名が犯人ではないことを証明するものだった。そして山名も自白を翻す。警察が誤認逮捕をしたとなれば、エリートである北村の経歴にも傷が付く。新たな証拠から目をそらす北村に対して、徳之助は「それが目指してきた警察官の姿か？」と問う。実は北村は、徳之助がかつて一緒に組んでいた同僚の息子だったのだ。北村の父親は捜査中に犯人に撃たれて殉職、徳之助はその責任を感じて密かに息子の北村を長い間見守ってきた。そして再び、殺人事件が発生。殺されたのは黒崎と同じ山形出身の男だった。この二つの事件につながりを感じた徳之助は山形県天童市へ向かう。

刑事である神保徳之助（小林稔侍）の後輩・片桐（菅田俊）が、警視庁の捜査一課に身柄を拘束された。刑務所を出所したばかりの男・谷田（松田賢二）に暴力を加えたというのだ。谷田は6年前、新宿の闇金融の社長が殺され、5000万円が奪われた事件で犯人の一人として逮捕され、服役していた。片桐は“殺人事件の真相が知りたくて谷田を問いただしただけだ”と主張。実は、その事件の主犯とされ現在も指名手配中の平林（武発史郎）は、片桐の高校時代の友人だったのだ。平林が犯人だとは信じられない片桐は、この6年間友人の島内（菅原大吉）、轟（つまみ枝豆）と一緒に、平林の妻・さやか（朝加真由美）を支えていた。その話を聞いた徳之助は、事件をもう一度調べようと決心する。そんな時、警視庁の捜査一課が捜査をするため割り込んできた。谷田を泳がせて、平林をおびき出そうとしていたのだ。捜査一課のやり方に疑問を抱いた徳之助は、一人で平林の地元・房総に向かう。

ある日、太陽流通グループの戸田山社長（穂積隆信）が鉄パイプで殴打される事件が起きる。神保徳之助（小林稔侍）らは捜査に乗り出すが、戸田山は「心当たりはない」と言い切る。しかし戸田山は食品の偽装表示問題の渦中におり、“天罰が下った”とマスコミは大騒ぎ。そのさなか、捜査一課の北村祐介（小林健）は、課長の澤本（西村雅彦）から今回の事件についてある命を受ける…。その矢先、鎌倉の寺の境内で戸田山の死体が発見された。しかもその発見者は徳之助の上司・安達（岡本信人）の息子・孝昭（吉田翔）。なぜか詳しく話したがらない孝昭だったが、徳之助は孝昭の持っていた弁当から、近くの弁当屋を探し当てる。そこは重村（金山一彦）という太陽流通グループを退社した男の経営する店だった。しかも、重村の別れた妻・三枝里美（中島史恵）は現在も戸田山の会社で働いていた。なにか感じるところがあった徳之助は、重村と里美の周辺を調べ始める。その頃、戸田山が殺されたことで北村が窮地に立たされていた。澤本は北村に責任の所在をただし、事件の捜査に一之瀬（市川亀治郎）を付ける。