ネギの父親探しをするための新クラブ・ネギま部（仮）が、正式に学園に認められて、盛り上がるネギたち。でもそのことを知ったまき絵やあやかたちは、「内緒でイギリス旅行に行くのはズルイ！」と不服そう。でもあやかたちの前に新クラブ名誉顧問のエヴァンジェリンが現れて、「新クラブの部員からバッジを奪えたら、追加での入部を認める」と告げる。そんなことは知らず、夏祭りに出かけていく明日菜たちは、はたしてバッジを守りきれるのか？

ネギま部の合宿で海にやって来たネギたち。あやかたちも偶然（？）海に来ていて、ネギたちはみんなで楽しく遊ぶ。でもそこに突然、ネギの幼なじみのアーニャが現れた！ ぜんぜん故郷に帰ってこないネギを連れ戻そうと、はるばるイギリスからやって来たのだ。その場はなんとか落ち着き、アーニャはその晩はネギたちと同じ旅館に泊まることになる。ただ、そこで会ったネギのクラスの生徒たちはみんな魅力的な女の子ばかりで、アーニャは不安になってくる。

夏休みに入ってから、それぞれに楽しい毎日を過ごす3年A組のクラスメイトたち。同人誌即売会に行ったり、映画館に行ったり、部活の県大会に出場したり、友達の恋を応援したり、みんなで花火を楽しんだり、修行をしたり……。そうしてついに、ネギたちがイギリスへ出発する日がやって来た。この日に向けて準備をしてきたネギたちだが、魔法世界ではいったいどんなことが待ち受けているのか。期待と不安の両方を抱きながら、ネギは新たな一歩を踏み出した！

故郷のウェールズに戻ってきたネギは、ネカネや魔法学校の校長といった懐かしい人々としばらくぶりに再会する。そして彼らに見送られながら、ネギたちはゲートを使ってついに魔法世界へとやって来た。だがそこに、かつてネギたちと敵対したフェイトが現れて、いきなり攻撃を仕掛けてくる。強力なフェイトの一行に対して、ネギたちもどうにか応戦するものの、最後は強制転移魔法によって離れ離れにされて、魔法世界の各地へと飛ばされてしまう……。 [SF/ファンタジー][アクション/バトル][恋愛/ラブコメ]

ネギが目覚めると、そこはジャングルの中だった。安否が確認できる仲間は、同じ場所に飛ばされた茶々丸だけ。ネギは一刻もはやく仲間たちを探そうと、体調の悪さをおしてジャングルを強行軍で進んでいく。そして道中で茶々丸に助けられつつも、比較的近くをさまよっていた千雨となんとか合流する。しかしそれまでの無理がたたってか、ネギは高熱で倒れてしまう。そんなネギの前に小太郎が現れるが、なぜか小太郎はネギに戦いを挑んでくる。

ネギと小太郎は、グラニクスの闘技場で拳闘士として戦っていた。みんなで元の世界に戻る近道として、廃都オスティアで開催される拳闘大会への出場をめざすためだ。そんな折、彼は街中でカゲタロウと名乗る人物から戦いを挑まれる。思わぬ強敵を前に深手を負ってしまうネギだが、そこに現れたかつての父の仲間ラカンによって戦いは中断され、ネギはその場を救われる。自分の実力不足を痛感するネギは、強くなるためにラカンへの弟子入りを志願する。