ネギの父親探しをするための新クラブ・ネギま部（仮）が、正式に学園に認められて、盛り上がるネギたち。でもそのことを知ったまき絵やあやかたちは、「内緒でイギリス旅行に行くのはズルイ！」と不服そう。でもあやかたちの前に新クラブ名誉顧問のエヴァンジェリンが現れて、「新クラブの部員からバッジを奪えたら、追加での入部を認める」と告げる。そんなことは知らず、夏祭りに出かけていく明日菜たちは、はたしてバッジを守りきれるのか？
ネギま部の合宿で海にやって来たネギたち。あやかたちも偶然（？）海に来ていて、ネギたちはみんなで楽しく遊ぶ。でもそこに突然、ネギの幼なじみのアーニャが現れた！ ぜんぜん故郷に帰ってこないネギを連れ戻そうと、はるばるイギリスからやって来たのだ。その場はなんとか落ち着き、アーニャはその晩はネギたちと同じ旅館に泊まることになる。ただ、そこで会ったネギのクラスの生徒たちはみんな魅力的な女の子ばかりで、アーニャは不安になってくる。
夏休みに入ってから、それぞれに楽しい毎日を過ごす3年A組のクラスメイトたち。同人誌即売会に行ったり、映画館に行ったり、部活の県大会に出場したり、友達の恋を応援したり、みんなで花火を楽しんだり、修行をしたり……。そうしてついに、ネギたちがイギリスへ出発する日がやって来た。この日に向けて準備をしてきたネギたちだが、魔法世界ではいったいどんなことが待ち受けているのか。期待と不安の両方を抱きながら、ネギは新たな一歩を踏み出した！
