平和な日常に、突如、暗雲が立ち込める。美しい宝石の国「クリスタリア」を侵略した闇の帝国「ヨドンヘイム」が、次のターゲットとして地球にやってきたのだ。ヨドン軍に立ち向かうため、不思議なパワーを秘めた美しい宝石「キラメイストーン」に選ばれた戦士、射水為朝 (木原瑠生)、速見瀬奈 (新條由芽)、押切時雨 (水石亜飛夢)、大治小夜 (工藤美桜)、4人のキラメイジャーが出動する。その戦いの様子を見ていた高校生･熱田充瑠 (小宮璃央) に、赤いキラメイストーンが反応。キラメイジャーの最後の一人かと思われたが、充瑠は人違いだと拒否し…。

熱田充瑠 (小宮璃央) が加わり、5人そろったキラメイジャー。充瑠は、キラメイジャーをサポートする博多南無鈴 (古坂大魔王) からキラメイジャーの“リーダー”を任されるが…。そんな中、遊園地に邪面師ラグビー邪面が出現し、ボール爆弾で周囲を破壊し始める。キラメイジャーが応戦するが、大会に出場中の速見瀬奈 (新條由芽) は参戦せず、ラグビー邪面を逃がしてしまう。キラメイジャーは5人がひとつにならなければいけない。充瑠はリーダーとしての資質を問われ…。

イケメンアクション俳優の時雨 (水石亜飛夢) の美学は、男のやせ我慢。クールにさらりとすごいことをやりたいのだ。そんな中、万力で人々の頭を締め付けるマンリキ邪面が出現。キラメイジャーが応戦するが、戦いの中、時雨は頭に万力をはめられてしまう。小夜 (工藤美桜) の診察によると、万力の締め付けで頭蓋骨が歪み、かなり食い込んでいる。相当痛いはずだが、時雨はクールな表情を崩さない。充瑠 (小宮璃央) たちは、なんとか万力を外そうとするが…。

街に黒いキラメイストーンが出現。心当たりのあるマブシーナは、キラメイジャーとともに現場に駆けつける。すると、黒いキラメイストーンが変形し、クリスタリアの王室専用列車に。これはオラディン王以外は生み出せないはずだが…。街に突っ込む前になんとか止まった王室専用列車の中から、マブシーナの叔父ガルザが現れる。ガルザは、オラディン王を手にかけ、クリスタリアをヨドン軍に差し出した反逆者。マブシーナは憎しみを露わにするが、ガルザは誤解だといい…。