オタクの高校3年生筒井光は高校生活初の遅刻をする。同じく遅刻をした五十嵐色葉は派手で男グセが悪いと噂もある筒井の苦手な3次元の女子。ふたりは遅刻の罰として昼休みにプール掃除をすることに。プール掃除での色葉は噂通りの印象だったが、日曜日に中学時代の同級生女子にからかわれていた筒井とオタク友だちの伊東を助けてくれたのは何と色葉だった。筒井は初対面の伊東とも偏見なく話す色葉のことを実はいいやつなのかもしれないと思い直す。そんな時、学校で色葉が男子二人に絡まれているのを見かけてしまう筒井。嫌がる色葉を無理やり連れて行こうとする空手部の男子に思わず飛びかかってしまいボコボコにやり返されてしまう。翌日、教室でアザだらけの顔をした筒井のところに色葉がやってきてなんと「あたしとつきあって」と告白してきて…。

改めて自分から色葉に「つきあってください」と告白した筒井。ふたりはつきあうことになるが、色葉は半年後に転校するという。有名人の色葉がオタクでネクラな筒井と付き合い始めたことは校内で恰好の噂になる。女子と付き合うことも自分が話題になることも初めての筒井は激しく動揺してしまって…。ある日、筒井は以前に街で色葉と親しげに歩いていたイケメンを見かけて思わず話しかけてしまう。自分と対象的にスペックの高いイケメン医者に嫉妬を隠せない筒井。学校で筒井に呼び出された色葉は、あの医者は彼氏ではなく主治医で、実は自分は重い病気なのだと打ち明けて!?

色葉が誕生日プレゼントを喜んでくれたこともあり、最近自分が浮かれてしまっていることを自覚する筒井。自分が変わってしまうのが怖い筒井は冷静になろうとするが、気持ちを上手く伝えられずに色葉を怒らせてしまうことに。恋愛経験ゼロの筒井は、同じクラスの女子･石野に相談する。思ったことをハッキリと言うタイプの石野に対してはドキドキせずに話せる筒井だったが、ふたりの様子を見て勘違いした色葉は石野に突っかかってしまう。誤解して動揺した自分を恥ずかしがる色葉だったが、筒井も不安なのは自分のほうだと謝る。

ある朝、下駄箱にラブレターが入っているのを見つける筒井。昼休みに体育館裏に呼び出す内容に嫌な予感しかしない。予想的中、現れたのは男子で、色葉を自分に譲るように脅してくる。反論した筒井はまたしてもボコボコに殴られてしまう。色葉や伊東に心配されるのが嫌な筒井は風邪だと嘘をついて学校を早退する。公園でサボっていた筒井は兄とはぐれて迷子の女の子を見かけて話しかけるが、そこへ妹を探して駆けつけてきたのは昼休みの男子 (高梨) だった。再び言い合いになるふたりだったが、高梨は妹に悲鳴をあげさせ、近くを通りかかった警官に筒井を突き出す。幼女連れ去りの容疑で警官に事情を聞かれる筒井。翌日には学校中にその噂が広まっていた…。

学校中でロリコンと後ろ指をさされることになってしまった筒井。偶然に本当の事情を知った色葉だったが、色葉と伊東だけでも自分のことを信じてくれていたことに感動している筒井はみんなの誤解を解かないままでも良いという。一方の高梨は自分の策略でそれほどダメージを受けていない筒井が気になって話しかけてしまう。筒井は自分の周りの人にちょっかいを出さないでくれれば良いといい、母親と弟、それに石野にだけは直接誤解を解いて欲しいと頼む。高梨の謝罪によって筒井の周りだけは平和な日々が戻ってきたが…。

ちょっとしたことからケンカをしてしまった筒井と色葉。筒井は色葉が何に怒ったのかが分からない。卑屈な物言いで取り繕うも、さらに傷を深めてしまう始末。伊東に色葉への謝り方を相談しようと思い昼食に誘うが用事があるからと断られてしまう。最近伊東が用事があると言うことが多いのは自分に気を遣っているからではと考えた筒井は、いろいろあって構ってやれなかったと謝るが、それが逆に伊東を怒らせてしまって…。すっかり空回りしてしまい落ち込む筒井。いつしか筒井は中学時代の伊東との出会いを思い出していた…。