１９７２年、本土復帰を間近に控えた沖縄で、１００万ドルの米ドル札を積んだ現金輸送車が襲われ消息を絶った。極秘捜査を任された琉球警察・特別対策室の真栄田（高橋一生）は、同僚の与那覇（青木崇高）やベテランの玉城（小林薫）らとともに強奪犯を追い始める。事件解決のタイムリミットは本土復帰までの１８日間。沖縄の命運を懸け、沖縄政財界や地元ギャング、さらには米軍関係者をも巻き込んだ苛烈な捜査が幕を開ける――。

帰還した銀行員から事情を聞いた真栄田と新里（清島千楓）は、その証言に違和感を覚え周辺を洗う。そして、事件の背後に高級サロン「サザンクロス」の関与を突き止めて……。一方、与那覇は地元ギャングの足取りを追い、宮里（嘉島陸）と懇意だったある女にたどり着く。捜査が進展する中、特別対策室の動向を嗅ぎつけたＣＩＤ（アメリカ陸軍犯罪捜査局）の大尉・イケザワ（城田優）は真栄田を呼び出し、ついに２人が対峙する――。

何者かによって再びコザの売春婦が惨殺された。刑事部長の喜屋武（ベンガル）が捜査は所轄のみで当たるように指示し、与那覇は上層部の不可解な対応に不信感を募らせていく。一方、「サザンクロス」の影のオーナーを探る真栄田は、沖縄屈指の実業家・川平（沢村一樹）の暗躍を知ることに……。さらに、正美（ＭＡＡＫＩＩＩ）の行動を監視していた対策室の面々は、ついに宮里らのアジトにたどり着くが、そこで事態は急変して――。