世界では様々なロボットが開発され、人間の手足となって活躍していました。しかしそれらは命令のままに動くただの機械でしかありませんでした。そんな中でアトムは世界初の心を持つロボットとして誕生しました。心を持つロボットの存在は、人間達の間に波紋を広げます。憧れるもの、恐れるもの、中には、「心を持つロボットを排除しろ!」と声高々に叫ぶものまで…。そんな中でアトムは、素晴らしい能力を使って、人々を危機から救うために活躍していきます。人間と同じように、学校に通いはじめたアトムには、仲良しの友達もたくさん出来ます。心を持つロボット、アトムの存在は、徐々に人々に間に受け入れられていくかにみえました。ロボットに反対する人々の策略のために、ロボットは時に信用を失い、人間から迫害を受ける事も…。そんな中で、不当な扱いを受けるロボットを救うために、人間と敵対し、ロボットだけの国を作ろうとするロボットも現れます。また、元科学省長官天馬博士は、人間に敵対するロボットを作り、アトムに挑戦状を叩きつけて来ます。天馬博士はなぜ執拗にアトムを試そうとするのか? その理由を探るうち、アトムは天馬博士に関わる自分の出生の秘密を知ってしまいます。