BAKUMATSUクライシス

時は幕末。日の本の未来を憂い、各々の信念に従い突き進む志士たちが魂を燃やす時代。長州の風雲児・高杉晋作は、相棒の桂小五郎とともに幕府海軍船に潜り込もうとしていた。目指すは「刻(とき)を操る力」があるという伝説の秘宝、“時辰儀(じしんぎ)”。他ならぬ幕府がその力を我が物にせんとしていると耳にした高杉は、『そんなやり方、つまんねぇ！』と時辰儀を破壊しようとするが――。

巨城スサノオ内にて高杉が対峙したのは、刻（とき）を超え連れてこられたスサノオ・十二将の一人、真田幸村だった。高杉は城深くの工場で、先進的に発達した文明技術の陰で、依然として虐げられる民の姿を見る。さらに無限斎の口から唐突に発せられる、高杉の師・吉田松陰の言葉。激昂した高杉は、無限斎に激闘を挑みかけるが――。一方城外では、それぞれの大切なものを守るために、動き出す志士たちの姿があった――。

巨城スサノオから脱出した高杉は桂、坂本、以蔵と合流する。坂本は、時辰儀と同じ「刻（とき）を渡る力」を持つ「晴明(せいめい)」という男を探しているという。晴明の力で刻を戻し、新時代を作ると息巻く坂本に対し、高杉は反発。意見の衝突からアジトを去る坂本に対し、高杉は長崎でのある記憶を思い出す。一方、京の町を詮索中だった坂本と以蔵の前に、渦中の人物・晴明が現れ――。

潜伏中の刀鍛冶屋にて、町民が圧政に苦しむ様を間近で見た桂は、改めて一日も早く無限斎の手から時辰儀を奪い返し、恐怖から町民を解放したいと心に誓う。そこで「いい考えがある」と高杉が提案したのは、新撰組に入隊するという作戦だった！見事入隊の剣術試験を突破し、近藤、土方、沖田らに認められ、晴れて新撰組隊士となった桂は、偽りの新撰組隊士生活を開始することになり――。

スサノオ城内に侵入した坂本と以蔵は、新撰組隊士らと対峙する。以蔵の一撃を受け止めた桂は、咄嗟に近藤を逃がし、その場をやり過ごす。以蔵が去った後、桂は沖田に正体を暴かれ、二人の真剣勝負が始まる。一方、同じくスサノオ城内座敷牢にて、囚われている帝（みかど）と出会った高杉。その正体が誰とも知らず、一心に座敷牢から救い出そうと試みる高杉に、帝は無限斎のいる部屋への道順を教えることになり――。