千年の時を経て、死神vs滅却師の血戦が幕を開けた。突如《見えざる帝国》の襲撃を受けた尸魂界を救うべく、死神代行・黒崎一護は、躊躇うことなく戦いに身を投じる。だが、滅却師の始祖・ユーハバッハの命を受けた星十字騎士団の侵攻により、多くの死神たちが次々と無惨に散っていった。卍解を奪う手段をも持つ星十字騎士団の面々に、護廷十三隊は隊長格すら苦戦し、奮闘する一護もまた、ユーハバッハを前にしては力及ばず、刀を折られてしまう。斬月を治せず失意の一護に、父・一心が語った過去。それは、一護の出生の秘密。死神の父と滅却師の母の、出会いと別れの記憶。己を知り、決意と共に再び立ち上がった一護は今、導かれ修練の時へ踏み出す。新たな力をその手に、大切な仲間を、全てを護るために――。一方、一護とは異なる行動をとっていた、滅却師の末裔・石田雨竜。記録を紐解き真実を求めた雨竜が辿り着いた答えとは――。ユーハバッハが指名した「後継者」が《見えざる帝国》に波紋を呼び、戦況は新たな局面へと様相を変えていく。『世界の終わる９日間』瀞霊廷は闇に消え、やがて訣別の刻が訪れる――。