DARKER THAN BLACK

東京新宿、ルイという一人の契約者が殺害された。捜査線上に浮かぶもう一人の契約者、コードネームBK201。彼の名は、ヘイ。感情を失くしたかのように冷徹に任務をこなすエージェントだ。殺害されたルイ、そしてヘイの追っていた者はゲート内に関するある情報だった。警視庁公安部捜査員は、ルイに情報を流したと思われる篠原千晶という女性を追う。ルイの仲間である契約者たち、そして公安に追われた千晶をヘイが救う。

都内のある工場に潜伏したヘイ。ゲート内第一次調査隊の生き残りである田原耕造の研究資料が目的だった。そうとも知らず、娘の舞に放火の疑いがかかっていることで頭を悩ませる田原。だが、舞は父親に対して頑なに心を閉ざしていた。監視役を装い舞に近づくヘイ。彼女はヘイに、包帯で隠した手首の秘密を見せる。

契約者としての能力を萌芽させた舞。だが、その能力を制御することができない。一方、田原はゲート内第一次調査の際に、特殊能力を封じることができる物質を発見し、持ち帰った。田原から研究資料を奪うため、舞を人質に取る契約者。田原は舞を取り戻し、過去に植え付けた罪の芽を摘もうとする。その行動にヘイは…。