東京新宿、ルイという一人の契約者が殺害された。捜査線上に浮かぶもう一人の契約者、コードネームBK201。彼の名は、ヘイ。感情を失くしたかのように冷徹に任務をこなすエージェントだ。殺害されたルイ、そしてヘイの追っていた者はゲート内に関するある情報だった。警視庁公安部捜査員は、ルイに情報を流したと思われる篠原千晶という女性を追う。ルイの仲間である契約者たち、そして公安に追われた千晶をヘイが救う。

ゲートの機密に携わる研究員だった千晶は、機密情報を盗んで行方をくらましていた。彼女の両親は契約者に殺害され、以降、抹消されるべき記憶を持ったまま、彼女は契約者の力に魅入られていった。ヘイの任務は千晶の持つ情報を奪うことと、彼女の存在を消すこと。ヘイは情報を守ろうと追っ手から彼女を匿い逃走するが…。

都内のある工場に潜伏したヘイ。ゲート内第一次調査隊の生き残りである田原耕造の研究資料が目的だった。そうとも知らず、娘の舞に放火の疑いがかかっていることで頭を悩ませる田原。だが、舞は父親に対して頑なに心を閉ざしていた。監視役を装い舞に近づくヘイ。彼女はヘイに、包帯で隠した手首の秘密を見せる。

契約者としての能力を萌芽させた舞。だが、その能力を制御することができない。一方、田原はゲート内第一次調査の際に、特殊能力を封じることができる物質を発見し、持ち帰った。田原から研究資料を奪うため、舞を人質に取る契約者。田原は舞を取り戻し、過去に植え付けた罪の芽を摘もうとする。その行動にヘイは…。

史上最低最悪と称される契約者が捕獲された。彼女の名はハヴォック。彼女は5年前、南米のヘブンズ･ゲート消失の際に、契約者としての能力をなくしたという。警視庁公安部の霧原未咲は、契約者･ノーベンバー11とともに、ハヴォックをゲート内情報研究機関「パンドラ」へ移送。だが、ヘイが移送中の車両を襲い…。

ヘブンズ･ゲートが消失した際、ヘイの妹は姿を消した。妹の行方を掴むため、ハヴォックから情報を引き出そうとするヘイ。だが、ハヴォックは当時の記憶を失っていた。ヘルズ･ゲートへ行けば、能力と記憶を取り戻せるかもしれないとハヴォックは言う。そこでヘイはハヴォックを連れ、ヘルズ･ゲートに向かうが…。