2014年の東京。ごく普通の高校生、夏目アキラはある日、交通事故にあってしまう。目が覚めると、そこは2030年の東京湾にうかぶ密輸組織の船の中だった。しかも自分は機械でできた脳だけの姿になっている。混乱するアキラだったが、警察官の上園美波とアンドロイドのアルマとともに協力して船から脱出する。安心したのもつかのま、アキラは現れた士牙総司に「お前は全人類の敵だ」と告げられてしまう。

アキラたち対策課一同は、日本に亡命中のムアンジ共和国元大統領、ジェイソン・モラウが保持するエクスアームを回収する為、モラウの屋敷がある経済特区へと向かう。しかし、モラウのアンドロイド、エルミラが二脚戦車に乗って現れ、エクスアームと思われる能力でその行手を阻む。対象物を消失させるエルミラの攻撃に、太刀打ちできない対策課、戦う術もないアキラ。そこに、士牙が送り込んだ追加装備が到着する。

同級生の美波や転校生のアルマ、対策課の面々と繰り広げられる青春学園ドラマ――それはアキラの意識が作りだした仮想空間。アキラの記憶を呼び戻そうと、仮想空間に潜ってアキラの潜在意識に迫る対策課一同、そして密かに介入する『ユグ』。そこでアキラは、かつて東京を崩壊させたエクスアームナンバーイレブンを装着した自分そっくりの『ベータ』と対峙する。アキラは、ベータこそが、全ての災いの根元であるのを強く感じる。

オークショニアと名乗る謎の人物によって、エクスアームのオークションが開催される。会場のメガフロートには、ナンバーイレブンを含むエクスアームを求め、世界中から闇の組織が次々集まってくる。アキラたち対策課は政府の要請で日本の闇社会のドン、仁國社を護衛しながらの潜入捜査に乗り出すが、仁國社は早くも組織同士の潰し合いに巻き込まれる。戦闘中に意識を失ったアキラが目覚めると、そこにはオークショニアがいる。