薪 (板垣李光人) が尊敬する脳科学者･貝沼 (國村隼) が自ら命を絶った。病気を苦にしての自殺だったことから、貝沼の異変に気づけなかったことを悔やむ薪。「脳を第九のために役立ててほしい」という遺言のとおり、鈴木 (中島裕翔) が貝沼の脳をMRIでみることを約束する。ところが数日後、MRI捜査室で突然、発砲音が響きわたる。薪が駆けつけると、そこには鈴木ら捜査員たちが倒れ、モニターには貝沼の恐ろしい秘密が映し出されていた。一方、鈴木が入院しているはずの病院にかけつけた雪子 (門脇麦) は…。しばらくして、コンビニ店員の小島郁子 (池脇千鶴) が同僚を刺殺する事件が発生。捜査一課の岡部靖文 (高橋努) は、突如、第九への異動を命じられる。脳をスキャンしてのぞき見る第九のMRI捜査をバカにしていた岡部だったが…。

脳科学者･貝沼 (國村隼) のMRI映像を見た鈴木 (中島裕翔) が亡くなってから3年、第九に1人の新人捜査員が配属される。薪 (板垣李光人) に憧れて第九へやってきたというが、現れた男の顔を見た薪は絶句。新人の青木一行 (中島裕翔) は死んだ鈴木にそっくりだった。そんななか、9人の少年が同じ日に異なる場所で次々と自殺する事件が発生し、第九でMRI捜査することになる。9人は同じ少年院にいたことがわかっていた。少年のMRI映像を見た青木はあまりに鮮明な映像に驚きながらも、その少年が別の少年に追いかけられてビルから飛び降りる様子を目の当たりにする。青木は岡部 (高橋努) らのアドバイスを受けながら少年たちのMRI映像を見ていくが、幻覚や妄想までが映し出されることを知る。やがて、少年たちのある共通点がわかり…。

ある私鉄沿線で立て続けに男女3人が殺害され、第九で捜査をすることに。同じ私鉄内で1週間前にも薬剤師の里中恭子 (中村ゆりか) が刺殺された事件が起きていたことがわかるが、目撃者も現れず捜査は難航していた。薪 (板垣李光人) が2つの事件の関連性を疑い始めた矢先、新たな被害者が出てしまう。被害者のMRI映像を見た青木 (中島裕翔) たちは、4人全員が恭子が刺殺された車両に乗り合わせていたことを確認する。恭子は男ともめている様子だったが、刺される瞬間が映っていないため犯人を特定することはできなかった。青木は被害者たちが刺殺事件の後、体のある場所に異変を感じていたことに気づき雪子 (門脇麦) に尋ねるが、見落としを疑われた雪子は不快感を露わに。すると今度は、恭子ともめていた男が遺体で発見され…。

目撃者が現れない満員電車での刺殺事件、その車両に乗り合わせた乗客たちが次々と殺される連続殺人事件、乗客たちの爪に異変が現れる感染症でバイオテロの様相を帯びた事件。薪 (板垣李光人) は3つの事件が偶然同時に起きた可能性を告げる。解剖時にウイルスに感染したとみられる雪子 (門脇麦) は、感染者の遺体の解剖をすべて引き受けると宣言。青木 (中島裕翔) は連続殺人犯を突き止めるため、雪子にウイルスをうつしてくれと迫り…。ウイルスの治療法もわからぬまま雪子の容態が悪化するなか、青木は自らも感染したことを薪に告げ、里中恭子 (中村ゆりか) が乗っていた同時刻の電車に乗り犯人への接触を試みたいと志願する。薪の制止もきかず、翌日、電車に乗り込む青木。すると、青木の爪を見ている男に気づくが次の瞬間、男は姿を消し―?

法医第一研究室に屍蝋化死体が運び込まれてくる。下腹部に刺し傷が集中しており、その残虐な手口から、雪子 (門脇麦) は第九で捜査すべきだと薪 (板垣李光人) に進言するが、薪は頑なに拒否。結局、薪に食い下がった青木 (中島裕翔) が捜査することに。そんななか、雪子は友人の浜田葵 (藤間爽子) から結婚式の招待状を渡される。幸せそうな葵の姿に笑みがこぼれる雪子だったが、そこへ突然薪が現れ、初対面の葵に「結婚は考え直したほうがいい」と告げ、葵が隠していたあることを指摘。葵は耐えきれずその場から去る。雪子は薪のデリカシーのない言動に憤慨するが、薪は雪子が友人の異変に気づかなかったことを責める。一方、青木は屍蝋化死体のMRI映像に映ったある人物に驚愕して…。