少年シャイロにはよく見る夢があった。女神が現れて、自分には使命があると語りかけてくる、そんな夢。しかし、シャイロには、その夢が意味するところはまだわからなかった。目が覚めたシャイロは、町で暴れた双子の姉弟コロナとバドに果物の収穫やペットへのエサやりを手伝ってもらい、それからドミナの町に出かけることに。そこでシャイロは、切羽詰まった表情で人捜しをしている瑠璃に出会う。

瑠璃を追いかけてメキブの洞窟に入ったシャイロだったが、瑠璃が探している人物、真珠姫と先に出会ってしまう。なぜか真珠姫に、「おにいさま」と呼ばれて慕われるシャイロ。シャイロは真珠姫と一緒に、瑠璃を探して洞窟の中を進んでいたが、いつの間にか真珠姫とはぐれてしまっていた。瑠璃と合流できたシャイロは、今度は二人で真珠姫を探しはじめる。その頃、真珠姫は巨大なモンスターに遭遇していた。

シャイロはボイド警部とドミナの町を出発し、断崖の町ガトへと向かうことを決めた。ガトの町に到着した二人は真っ先に癒しの寺院を訪れる。そこは宝石泥棒から予告状が届いた場所。そして、かつて妖精戦争が起きたときにたくさんの兵士を救った、「癒しの炎」がある場所。ボイド警部は寺院の警備、シャイロは胸に宝石を持つ種族である珠魅探しと、二人は別行動をとることになった。

シャイロとボイド警部は、宝石泥棒からの予告状を追って、ポルポタの町にあるシーサイドホテルにやってきた。宝石泥棒事件の捜査と珠魅探しにはげむ二人。町での聞き込みの途中に帝国船沈没事件の謎を探っている騎士トーマと出会う。不思議な力を宿した宝石の存在を町の住人から教えてもらったシャイロ達は、ザル魚君のいるシーサイドホテルへ向かう。

大ケガをしたシャイロをバドとコロナが待つ家まで連れ帰ってくれたのは、シャイロの友達のセラフィナだった。熱にうなされるシャイロを、一所懸命看病するセラフィナたち3人。そのおかげでシャイロは目を覚ますが、もうセラフィナは立ち去ったあとだった。ボイド警部からは、宝石泥棒にはもう関わらないよう注意を受けたシャイロ。だが、シャイロは決意のもと、より強力な武器を手に入れるためにレイリスの塔へと向かう。

魔法都市ジオにある魔法学園に入学してたったの2ヶ月で、持ち前の明るさと元気ですっかり馴染んでみせたセラフィナ。エメロードという友人もでき、魔法の授業でも実力を発揮していた。そんなとき、セラフィナはジオを訪れていたシャイロと再会する。シャイロは一緒に行動していた瑠璃と真珠姫を、セラフィナは友人であるエメロードを引き合わせた。そこでセラフィナは、エメロードが珠魅であると知る。