スーパーマンを中心とするジャスティス・リーグになじめないでいるバットマン。そんなある日、タイムワープしたスーパーマンはサーバー生命体・ブレイニアックに改造され、悪者となってしまう。バットマンはスーパーマンと戦うことになるが…。