老舗オンラインゲーム〈エルダー・テイル〉に日本人ユーザー3万人が閉じ込められてしまった。ゲーム歴8年の大学院生・シロエも異世界に取り残されてしまう。不安に駆られたプレーヤーが街にあふれ、ヤマト地区最大の都市〈アキバ〉は秩序を失う。シロエは旧友の直継、美少女アサシン・アカツキたちとギルド〈ログ・ホライズン〉を設立。他人と接することが苦手で内気な青年が仲間と廃墟アキバから世界を変えようと立ち上がる。