人間とロボットが平和に暮らす未来都市ネオトピアの平和を破る、ロボット生命体軍団ダークアクシズの侵略が始まった。時空を超えて転移してきたダークアクシズは、自然物を石化し始めた。偶然にもその光景に遭遇したシュウトは、危うく石化されそうなところをキャプテンガンダムと名乗る謎のロボットに助けられるが…。

キャプテンがシュウトの家に突然やってきた。それは、キャプテンがソウルドライブ発動の鍵が、シュウトの応援にあると考えていたからだった。早速二人はその時のスーパーパンチを再現しようと色々練習するが上手くいかない。しかし、何気ない会話の中で二人が心を交流させた時、ソウルドライブに火が灯り…。

シュウトは巨大凧の試験飛行中に敵の侵攻を発見。現場に駆けつけたキャプテンは、圧勝かに思えたが、シュウトが敵の攻撃を受けて凧から落としてしまった強力接着剤が足に接着して動きを封じられてしまった。その危機を救ったのは、石化の謎を解くためにラクロアからやってきた騎士ガンダム、翼の騎士ゼロだった…。

ダークアクシズの攻撃を察知したキャプテンは、港湾地区で敵と戦闘体勢のゼロを発見した。同じガンダム同士、協力しようと提案するキャプテンだったが、かたくななゼロは一人で戦おうとする。噛み合わない二人の隙を突いて、グラップラーグフが放ったゴムゴム弾が直撃し、キャプテンとゼロは捕らえられてしまい…。

功績を認められたシュウトはキャプテンが所属する極秘の次元防衛組織S.D.G.の空中基地「ブランベース」に招待された。そして、シュウトはガンダムフォースの特別隊員に任命され、嬉しさと誇らしさで胸いっぱいになる。一方その頃、S.D.G.が開発している次元転送装置の実験場にダークアクシズが出現して…。

次元を超えて、武者頑駄無の世界である天宮から、ネオトピアに飛ばされてきた武者頑駄無の爆熱丸。爆熱丸は、ダークアクシズの気配を察知した途端、街中で刀を振り回し、ネオトピア市民を驚かせてしまう。そして、ダークアクシズから次元を超える方法を聞き出した爆熱丸は、なんとかして天宮に戻ろうと必死だったが…。