マッドサイエンティストを自称する”厨二病”の大学生・岡部倫太郎は、発明サークル「未来ガジェット研究所」を秋葉原に構え、用途不明の発明品を開発する日々。そんな折、発明家・中鉢博士の会見を傍聴していた岡部は、偶然そこで天才少女・牧瀬紅莉栖と出会う。その直後、不審な悲鳴を耳にして…。

大学の講義の会場で、数時間前に刺されたはずの紅莉栖を見つけ驚愕する岡部。さらに直後の講義では、タイムマシンの存在について紅莉栖に完膚なきまでに論破されてしまう。

岡部たちが発明した「電話レンジ（仮）」には、偶然にも過去へメールを送れる機能が備わっていたことが判明した。さらにネット掲示板「＠ちゃんねる」の情報から、素粒子物理学の研究機関・SERNが秘密裡にタイムマシンの開発を進め、その情報を隠しているとみた岡部は、SERNへのハッキングをダルに命じる。

SERNへのハッキングに成功するも、謎のプログラムコードに阻まれた岡部たち。そこで岡部は＠ちゃんねるに現われたジョン・タイターという自称“未来人”から、コード解読には幻のレトロＰＣ「IBN5100」が必要だと知らされる。

柳林神社に奉納されていたIBN5100を紅莉栖と二人でラボに持ち帰った岡部は、早速その接続を試みる。早くもラボの一員として馴染んだ紅莉栖の協力も得て、さらなるハッキングに成功した岡部たちは、そこでSERNの驚くべき秘密を知るが…。

SERNへのハッキングに成功した岡部は、未来ガジェット研究所にラボメンを集めた。そこで、自分たちが偶然発見した“過去へ送れるメール”を「Dメール」と命名する。特定の時間帯にメールを送信することで「電話レンジ（仮）」が放電現象を起こし、Dメールが送られると仮定した岡部は、検証すべく実験を再開して…。