西暦20XX年、日本海溝付近で原因不明の海難事故が続いていた。事故には“海洋帝国”という謎の国家？が関与しているらしい…。その存在を確かめるべく政府から極秘の依頼を受けた沖海洋研究所の所長「沖重造」と副所長の「沖五郎」は、深海探査艇で調査中に謎の潜水艦から攻撃を受け行方不明になってしまう。出発の直前、重造の孫であり五郎の弟でもある高校生の「沖進」は、二人からそれぞれ「99」と彫られた研究所の地下工場の鍵と99式歩兵銃を改良したライフルを渡されていた。二人の捜索を開始した進だが、研究所に侵入した工作員たちに捕らえられしまい、地下工場に案内させられる。するとそこには、これまで見たこともない超巨大潜水艦が眠っていた…。