エピソード0「栄光の特車二課」いまや特車二課の最古参となった整備班 班長 シバシゲオ。彼が語る、初代から今に至る特車二課の歴史とは？エピソード1「三代目出動せよ」動かせば壊れる無用の長物となった98式イングラムと共に、延々と続く待機という名の怠惰な日々を過ごす特車二課。そこにくだる久々の出動要請に色めき立つ隊員たち。工業レイバー、クラタスを相手に、見事、華々しい成果をあげることができるのか!?

エピソード2「98式再起動せよ」すっかり時代に取り残され、型落ちとなった特車二課の98式イングラムは、動けば壊れ、歩けば故障する、警視庁警備部のお荷物と化していた。そんな中、特車二課の解体を画策する上層部の陰謀により、警備部恒例の装備総点検に参加して警視総監の面前で礼砲を撃つことに。イングラムは整備班の総力を結集した修理作業で役目を全うできるのか!?エピソード3「鉄拳アキラ」脅威の動体視力と反射神経を誇り、その青春をレイバーの操縦とゲームに捧げる明は非番に出かけたゲーセンで“勝つための思想”を唱える謎のオヤジに完敗。衝撃を受けた明は、虚構と現実を無視した、非常識な修行を始める…。

エピソード4「野良犬たちの午後」特車二課のライフライン。それは紛れもなくコンビニ。買い出しに駆り出された明と、大量の爆発物と重機関銃で武装したテロリストが運悪く遭遇…。籠城戦を決め込むテロリストとの間に流れる奇妙な交流もつかの間、後藤田隊長の秘策と共にイングラムとカーシャが動きだす…。エピソード5「大怪獣現る 前編」熱海に巻き起こる謎のサーファー失踪事件。時を同じくして現れた、巨大な海棲生物 ガッ★。調査に乗り出した海洋学者・七海言子と、たまたま慰安旅行にきていた特車二課。怪獣とレイバーの絶妙なカップリングに盛り上がる野次馬観光客の増加にほくそえむ市長。果たして大怪獣は現れるのか!?

エピソード6「大怪獣現る 後編」遂にその姿を現し、熱海の街を焼き尽くす大怪獣！ しかし、それは財政復活を目論む市長の陰謀だった…。ますますエスカレートする怪獣騒ぎを知ってか知らずか、網代湾に度々浮かび上がる謎の巨大海棲生物。そして自衛隊の出動を目前に、イングラムのリボルバーカノンが火を噴くとき、大怪獣の真実が明らかになる！エピソード7「タイムドカン」特車二課に爆弾を仕掛けたという電話に戸惑う二課メンバーをあざ笑うかの様に爆発する山崎の鳥小屋。そしてまた起こる大爆発。緊急避難を余儀なくされた特車二課に迫る大型爆弾の罠。果たして爆弾は、どこにいくつ仕掛けられているのか!?

エピソード8「遠距離狙撃2000」特別警護に任命されたカーシャに告げられた潜入した暗殺者が“赤いゴルゴ”の異名を持つ元KGBの狙撃手という情報。そしてその者はカーシャがロシア連邦保安庁時代に師と仰ぎ、ほのかに思いを寄せたセルゲイだった。カーシャの対抗狙撃（カウンタースナイピング）の戦いが始まる…。エピソード9「クロコダイル・ダンジョン」埋立地に広がる地下迷宮。過去にそこで捕獲された白ワニが地価20億円の真珠を産んだニュースに沸き立つ二課棟の面々。白ワニを求めて潜り込んだ整備班を捜索するため、特車二課メンバーが編成されたが、彼らも迷宮とお宝の魔力にとりこまれていく…。

エピソード10「暴走！赤いレイバー」冷戦中に開発された軍用レイバーが新潟経由で密輸されるという情報と共に協力を要請してきた公安部をかわす後藤田。しかしテロリスト蜂野がレイバー強奪を狙って逃亡した為、明と佑馬が一路新潟出張へ。そして二人の前に現れる旧ソ連製レイバーRT99。遂にレイバー戦の火ぶたが切って落とされる！エピソード11「THE LONG GOODBYE」明に舞い込んだ一通の招待状。高校時代のほろ苦い思い出を胸に訪れた同窓会で出会ったのは、思いを遂げられなかったあの男だった。忘れかけていた女心に戸惑いつつも懐かしい思い出に浸る明。しかし男には隠された秘密があった…。