시즌 1, 에피소드 1: 노르웨이 오슬로로 향하고 있던 급행열차 베르겐이 주행 중에 갑자기 소멸되어, 3km 떨어진 곳으로 워프해 매우 큰 피해가 발생하는 사건이 일어났다. 이 불가사의한 현상은 천재 발명가 니콜라 테슬라의 유산이자, 초현실적인 힘이 담겨 있는 수정 '테슬라의 조각'의 소행이라고 추정됐다. 네고로 닌자의 후예인 여자 고등학생 네고로 보탄은 할아버지인 진고가 '테슬라의 조각'을 악용하는 걸 막기 위해 조직한 '일본 안전 진흥 주식회사'에 첩보원으로서 참가해 첩보 작전 '미션 T'를 발동해 사건의 진상을 쫓았는데...