시즌 1, 에피소드 1: 마법소녀를 동경하는 히이라기 우테나는 어느 날, 수수께끼의 마스코트 베나리타를 만난다. 베나리타의 힘으로 마법소녀로 변신할 수 있게 되었다고 생각한 우테나는 마음이 설레었다. 하지만, 변신 후의 모습은 마법소녀와는 거리가 먼, 악의 조직의 여간부 그 자체였는데?!