S1, E1: 메가로 폴리스의 완성을 축하하기 위해 전 세계의 유명인들이 트레인 공국의 '스카이 스테이션'에 모여 들었다. 그런데 하늘에서 정체 불명의 물체가 떨어져 '스카이 스테이션'이 파괴되고, 어린 아이가 위험에 처한다. 지구 구조대는 트레인 베이스에 도움을 요청하지만, 훈련 기지에 모인 트레인 히어로들은 아직 훈련 받은지 한 달밖에 안 된 풋내기들. 과연 트레인 히어로들은 첫 임무를 훌륭히 완수할 수 있을까?