시즌 1, 에피소드 1: 지난 밤 미술관에 등장한 괴도 키드에 대해서 친구들과 얘기 중인 나카모리 아오코. 소꿉친구인 쿠로바 카이토는 마술로 아오코를 놀리고 이에 화가 난 아오코는 괴도 키드를 이길 수 없을 거라면서 카이토를 도발한다. 이에 카이토는 괴도 키드를 잡겠다고 반 아이들 앞에서 선언한다. 한편, 8년 만에 다시 등장한 괴도 키드로 경찰청은 대혼란, 특히, 아오코의 아빠인 나카모리 반장은 괴도 키드 전담 형사로 괴도 키드 사건에 사활을 건 인물. 나카모리 반장은 괴도 키드를 체포하겠노라 다짐한다. 아버지이자 세계 최고의 마술사인 쿠로바 도이치가 괴도 키드임을 알게 된 카이토. 그리고 아버지의 죽음이 사고가 아닌 괴도 키드의 일 때문이라는 사실을 알게 된다. 이에 카이토는 아버지의 조수였던 지이와 재회하며 아빠의 죽음의 진상을 파헤치기 위해 제2대 괴도 키드가 되기로 결심하는데...