시즌 1, 에피소드 5: 수학여행을 가지 못했던 리코에게 있어 특별한 장소인 교토는, 대부분의 지역이 미메시스의 소굴이 되어버려 옛 수도의 고풍스러운 모습을 잃어버리고 말았다. 기묘하게도 멤버 전원이 이런저런 이유로 수학여행을 가보지 못했던 유격대에, 리코가 들어오게 되면서 단순한 전투집단 이상의 유대감이 생겨나고 있는 상황. 하지만 장갑소녀로서 해야만 하는 비정한 임무 때문에 소녀들은 이를 깨닫지 못하였다. 구원 메시지의 발신원인 랩 3에 단신으로 돌입한 미하루는, 인류의 명운을 건 시스템 '스위치'와 함께 수수께끼의 노파인 치요 할머니와 만나는데...