첫 출격

시즌 1, 에피소드 1: 정체불명의 생명체 가우나에 의해 파괴된 태양계. 그 속에서 겨우 살아남은 최후의 인류는 행성 간 우주선 시도니아를 타고 우주를 떠돌 수 밖에 없게 되었다. 그렇게 약 1,000년의 세월이 지난다. 시도니아 지하에서 남몰래 할아버지 손에 의해 길러진 타니카제 나가테는 할아버지가 돌아가신 뒤 먹을 것을 구하기 위해 처음 지상으로 올라온다. 이후, 나가테는 쌀을 훔친 혐의로 체포되지만 시도니아 함장의 도움으로 인간형 거대 유인 메카닉 모리토 조종사 훈련학교에 입학하게 된다. 학교에 입학한 후 처음으로 할아버지 이외의 사람과 접촉하고 교류하게 된 나가테는 과거 영웅 조종사가 운전했다는 기체 17식 모리토 시라츠키카이 츠구모리에 타고 첫 임무를 떠나게 된다. 그곳에서 그들은 100년 만에 모습을 드러낸 가우나와 마주치게 되는데...