시즌 1, 에피소드 1: 서기 2221년, 은하철도 999를 타면 영원한 생명인 기계 몸을 무료로 받을 수 있다는 소문을 듣고 테츠로는 엄마와 함께 메가로폴리스로 향한다. 그러나 엄마는 인간 사냥꾼인 기계 백작의 손에 희생되고 눈보라 속에 쓰러진 철이는 메텔이라는 수수께끼 여인의 도움으로 목숨을 건진다. 메텔은 자신과 동행하는 조건으로 은하철도 999의 무기한 승차권을 내미는데...