시즌 1, 에피소드 1: 2090년. 한때 지구를 구했던 우주 전함 마크로스는 거리의 기념물이 되었고, 인간과 크기가 같아진 젠트라디인들과 함께 인류는 평화롭게 살아가고 있었다. 스캔들 전문 TV 리포터인 히비키는 갑자기 태양계를 침공한 이성인과 통합군 간의 전투를 취재하게 된다. 시청자들이 좋아하는 노래에 의한 공격 전술 '민메이 어택' 장면을 담기 위해 전장으로 향한 히비키는 수많은 통합군 부대가 적군에게 격파당하는 것을 목격한다. 곧이어 난파된 적 전함에 침입한 그는 아름다운 소녀 이슈타르를 구출한다.